谢民主

发布人:日期:2018年05月06日 11:11浏览数:


谢民主,男,博士,湖南师范大学信息科学与工程学院教授,博士研究生导师。2003年毕业于中南大学信息科学与工程学院,获计算机应用技术工学硕士学位。2008年毕业于中南大学信息科学与工程学院,获计算机应用技术工学博士学位。中南大学和美国加州大学河滨分校博士后。目前从事计算机算法设计和生物信息学的研究。以第一作者或通信作者身份在ISMB 2008、Bioinformatics、BMCBioinformatics、Aglorithmica、计算机学报、软件学报等生物信息学和计算机算法领域的国际顶级会议和国内外知名杂志上发表论文20余篇,主持国家自然科学基金3项,湖南省自然科学基金1项,2009年获中国博士后科研基金一等资助,获2013年教育部高等学校科学研究优秀成果奖自然科学奖二等奖(排名第三);相关算法被全球最大的DNA测序仪生产商Illumina的科研人员采用作为单体型组装,他们的相关论文发表在2017年的Nat Biotechnol。Bioinformatics、IEEE TCBB、中国科学E(英文版)、Algorithms forMolecular Biology等国际杂志审稿专家。

所在学科:计算机科学

研究方向:计算机算法理论与设计,生物信息学

通信地址:湖南长沙湖南师范大学信息科学与工程学院

邮编:410081

E-mail:xieminzhu@hunnu.edu.cn, xieminzhu@sina.com

承担课题

目前承担的项目

[1]多倍体单体型从头组装算法研究,国家自然科学基金,2018.1—2021.12,主持,直接经费:63万

已结题项目

[1]全基因组关联分析基因交互作用探测算法研究,国家自然科学基金,2014.1—2017.12,主持,研究经费:73万.

[2]新一代测序技术下单体型组装问题计算模型和算法研究,国家自然科学基金,2010.1—2013.12,主持,研究经费:32万.

[3]单体型问题计算模型和算法研究,中国博士后科学基金一等资助,2009.07—2011.12,主持,研究经费:5万.

[4]单体型计算问题优化算法研究,湖南省自然科学基金,2009.1—2011.12,主持,研究经费:4万.

代表性论文

[1] Minzhu Xie, Qiong Wu,Jianxin Wang and Tao Jiang, H-PoP and H-PoPG: heuristic partitioning algorithmsfor single individual haplotyping of polyploids.Bioinformatics, 2016, 32 (24), 3735-3744

[2] MinzhuXie, Jianxin Wang and Xin Chen, LGH: A Fast and AccurateAlgorithm for Single Individual Haplotyping Based on a Two-Locus Linkage Graph.Computational Biology and Bioinformatics,IEEE/ACMTransactions on, 2015. 12(6): p. 1255-1266.

[3] MinzhuXieand Jing Wang, Parameterised algorithms of the individualhaplotyping problem with gaps.Int. J.Bioinformatics Research and Applications, 2013. 9(1): p. 25-40.

[4] Minzhu Xie, Jing Li, TaoJiang, Detecting genome-wide epistases based on the clustering of relativelyfrequent items,Bioinformatics, 2012,28, 5-12.

[5] MinzhuXie, J. Wang, and T. Jiang, A fast and accurate algorithm forsingle individual haplotyping.BMCSystems Biology (also to bepresented at the 23rd International Conference on Genome Informatics (GIW),Tainan, TaiWan, Dec. 12-14, 2012), 2012, 6(Suppl 2): p. S8.

[6] MinzhuXie, Jing Li, Tao Jiang, Accurate HLA type inference using aweighted similarity graph.BMCBioinformatics(also to be presented at the 21st International Conferenceon Genome Informatics (GIW), Shanghai, China, Dec. 16-18, 2010), 2010

[7] MinzhuXie, Jianxin Wang, Jianer Chen. A practical parameterisedalgorithm for the individual haplotyping problem MLF.Mathematical Structures in Computer Science, 2010. 20(5): p.851-863.

[8] MinzhuXie, Jianxin Wang, Jianer Chen, et al. Computational Models andAlgorithms for the Single Individual Haplotyping Problem.Current Bioinformatics, 2010. 5(1): 18-28.

[9] MinzhuXie, Jianxin Wang, Jianer Chen. A model of higher accuracy forthe individual haplotyping problem based on weighted SNP fragments and genotypewith errors. In Alfonso Valencia, Ildefonso Cases (Eds):Proceedings of the 16th International Conference on Intelligent Systemsfor Molecular Biology, ISMB 2008, Toronto, Canada, July 19-23, 2008,Bioinformatics, 2008, 24(13): i105-i113.

[10] MinzhuXie, Jianxin Wang. An Improved (and Practical) ParameterizedAlgorithm of the Individual Haplotyping Problem MFR with Mate-pairs.Algorithmica,2008, 52(2): 250–266.

[11] Jianxin Wang,Minzhu Xie*, Jianer Chen, A practical exactalgorithm for the individual haplotyping problem MEC/GI,Algorithmica,2010, 56(3): 283-296. (Corresponding author).

[12] 谢民主,陈建二,王建新.个体单体型问题参数化算法研究.计算机学报,2009, 32(8): 1637-1650

[13] 谢民主,陈建二,王建新.有Mate-Pairs的个体单体型MSR问题的参数化算法,软件学报,2007, 18(9): 2070-2082.

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